Les producteurs exécutifs de Star Trek : Starfleet Academy ont confirmé que Paul Giamatti et Tatiana Maslany ne reprendront pas leurs rôles dans la saison 2. La série de Paramount+, renouvelée avant sa première, a terminé le tournage de sa deuxième saison. De nouveaux personnages, de nouvelles histoires d'amour et des épisodes indépendants sont prévus.
La première saison de Star Trek : Starfleet Academy s'est achevée récemment, et les producteurs discutent déjà des développements de la deuxième saison. La série a été renouvelée par Paramount+ avant sa diffusion et le tournage de la deuxième saison serait terminé, selon les rapports de TVLine des producteurs exécutifs Alex Kurtzman et Noga Landau dans des interviews avec TV Guide, GoldDerby, Collider et TV Insider. Kurtzman a laissé entendre que des changements importants allaient se produire : "Dans chaque saison, vous devez introduire un élément tout nouveau qui secoue et change la situation. Et vous allez voir l'introduction d'un personnage, et de certains personnages, qui vont vraiment secouer notre groupe et envoyer des ondes à travers lui qui vont forcer différents types de relations". Il a ajouté que des histoires d'amour inattendues allaient se nouer au sein de la distribution. Landau a parlé de Sam, le cadet holographique, en notant : "Nous allons vraiment vivre le plaisir et la complexité de Sam 2.0 dans la saison 2 [...]. Sam 2.0 commence à éprouver des sentiments d'attirance pour la première fois de son existence". L'histoire de Caleb se poursuivra, explorant sa volonté de devenir officier de Starfleet, comme l'a expliqué Kurtzman à TV Guide. D'autres épisodes indépendants sont attendus, et Landau a déclaré à TV Insider : "La saison 2 comporte de très grands épisodes conceptuels qui évoquent vraiment le meilleur de Trek". Cependant, Paul Giamatti, qui jouait le méchant Nus Braka, et Tatiana Maslany, qui jouait Anisha, la mère de Caleb, n'apparaîtront pas dans la saison 2. Kurtzman a déclaré à Collider : "Je dirai que vous ne les verrez pas dans la saison 2". Leurs arcs restent ouverts pour des retours potentiels dans le futur si la série continue.