Le ministère de la Justice a recommandé des poursuites pour pillage et corruption contre le sénateur Jinggoy Estrada et l'ancien secrétaire du DPWH, Manuel Bonoan, dans le cadre du scandale de corruption lié aux projets de contrôle des inondations.
Le bureau de l'Ombudsman a confirmé le lundi 18 mai 2026 avoir reçu la résolution du DOJ recommandant ces inculpations. Le DOJ a également préconisé des poursuites pour corruption directe et corruption d'agents publics à l'encontre d'Estrada, de Bonoan et de plusieurs anciens responsables du DPWH.
Les plaintes contre les anciens sous-secrétaires Roberto Bernardo, Gerard Opulencia et Henry Alcantara ont été abandonnées, ces derniers ayant intégré le programme de protection des témoins. La procédure visant la défunte sous-secrétaire Maria Catalina Cabral, décédée en décembre 2025, a également été classée.
L'Ombudsman a déclaré qu'il mènerait son propre examen avant de décider s'il convient de porter l'affaire devant les tribunaux. Le DOJ avait déjà obtenu une ordonnance conservatoire d'interdiction de sortie du territoire contre Estrada et Bonoan en février dernier.
L'enquête s'appuie sur des éléments recueillis lors des auditions au Sénat du 14 novembre 2025, détaillant des prélèvements présumés de 30 % sur les projets régionaux de contrôle des inondations.