CachyOSは、複数のソースにわたるソフトウェアインストールを管理する標準ツールとして、従来のOctopiに代わり、Rustベースの新しいグラフィカルパッケージマネージャー「Shelly」を採用しました。
パフォーマンスの最適化で知られるこのディストリビューションは、公式リポジトリ、Arch User Repository（AUR）、AppImageファイル、そしてFlathubからのパッケージを一元的に管理できるインターフェースをユーザーに提供します。
Shellyには、最近のアクティビティが表示されるほか、AURやFlatpakからインストールされたパッケージの状況や、全体のアップデートステータスを確認できるダッシュボードが備わっています。上部の検索バーではサポートされているすべてのソースを同時にクエリでき、検索結果は公式リポジトリを優先順位の先頭としてランク付けされます。
設定画面では、AUR、Flatpak、AppImageサポートの切り替えに加え、確認プロンプトの無効化や並列ダウンロード数の制限といった高度なオプションを選択可能です。また、破損したパッケージを削除する「purify」機能も搭載されています。
テストの結果、リポジトリ、AUR、Flathubの各パッケージについては信頼性の高い動作が確認されましたが、AppImageの取り扱いについては、システムメニューに統合されるファイルもあればそうでないものもあり、結果は混在しています。