Les chercheurs ont séquencé le deuxième génome de haute qualité d'un Denisovan, extrait d'une dent vieille de 200 000 ans dans la grotte de Denisova en Sibérie. Cette découverte révèle au moins trois populations distinctes de Denisovans et des preuves de croisements avec des Néandertaliens inconnus et un autre groupe mystérieux d'humains anciens. Ces résultats élargissent notre compréhension de l'évolution humaine précoce en Asie.
Pour la deuxième fois seulement, les scientifiques ont obtenu un génome complet d'un Denisovan, un groupe éteint d'humains anciens qui habitaient l'Asie. L'ADN provient d'une seule dent molaire appartenant à un Denisovan mâle, découverte dans la grotte de Denisova, en Sibérie, en 2020. Sur la base des mutations et de la datation des sédiments, l'individu a vécu il y a environ 205 000 ans, les couches du site étant datées de 170 000 à 200 000 ans. Cela contraste avec le précédent génome Denisovan de haute qualité, provenant d'un individu qui a vécu il y a 55 000 à 75 000 ans, offrant un aperçu d'une phase antérieure de l'histoire des Denisovans.
Les Denisovans ont été identifiés pour la première fois en 2010 grâce à l'ADN d'un os de doigt dans la même grotte sibérienne, distinct des humains modernes et des Néandertaliens. Leur ADN persiste dans les populations modernes, particulièrement en Asie du Sud-Est, y compris aux Philippines et en Papouasie-Nouvelle-Guinée, indiquant des croisements passés avec Homo sapiens. Plus récemment, en juin, un crâne de Harbin, en Chine, a été identifié comme Denisovan sur la base de preuves moléculaires, fournissant la première vue de leurs traits faciaux.
Le nouveau génome suggère au moins trois populations Denisovans distinctes. La plus ancienne, représentée par ce mâle, a été remplacée plus tard par un second groupe sur le site de la grotte des milliers d'années après. Une troisième population, non trouvée dans la grotte, a contribué de l'ADN aux humains modernes. « Comprendre comment les Denisovans précoces ont été remplacés par des Denisovans ultérieurs met en lumière un événement humain significatif », déclare Qiaomei Fu à l'Institut de paléontologie des vertébrés et de paléoanthropologie en Chine.
Une analyse plus approfondie montre des croisements répétés avec les Néandertaliens, y compris des traces d'un groupe Néandertalien précédemment inconnu qui a vécu 7 000 à 13 000 ans avant le Denisovan mâle. Le génome porte également de l'ADN d'une lignée humaine ancienne non identifiée, qui a évolué séparément pendant des centaines de milliers d'années, possiblement Homo erectus, bien qu'aucun ADN de cette espèce n'existe pour confirmation. « C'est un article explosif », déclare David Reich à l'Université de Harvard. « Cette étude a vraiment élargi ma compréhension de l'univers des Denisovans », ajoute Samantha Brown au Centre national de recherche sur l'évolution humaine en Espagne. « C'est infiniment fascinant que nous continuions à découvrir ces nouvelles populations », note Brown.
La recherche, dirigée par Stéphane Peyrégne à l'Institut Max Planck d'anthropologie évolutionniste en Allemagne, est détaillée dans un preprint bioRxiv (DOI : 10.1101/2025.10.20.683404) et attend une revue par les pairs.