研究者たちは、シベリアのデニソワ洞窟から採取された20万年前の歯から、デニソワ人の2番目の高品質ゲノムを配列決定した。この発見は、少なくとも3つの異なるデニソワ人集団と、未知のネアンデルタール人および別の謎の古代人類集団との交配の証拠を明らかにする。これらの知見は、アジアにおける初期人類進化の理解を拡大する。
わずか2回目で、科学者たちはアジアに生息した絶滅した古代人類のグループであるデニソワ人から完全なゲノムを取得した。このDNAは、2020年にシベリアのデニソワ洞窟で発見されたデニソワ人男性の単一の臼歯から得られたものである。突然変異と堆積物の年代測定に基づくと、この個体は約20万5000年前に生きたもので、サイトの層は17万年から20万年前に遡る。これは、以前の高品質デニソワ人ゲノム（5万5000年から7万5000年前に生きた個体から）と対比され、デニソワ人史のより早い段階を垣間見るものである。
デニソワ人は2010年に、同じシベリアの洞窟で発見された指の骨のDNAを通じて初めて特定され、現代人とネアンデルタール人とは異なる存在だった。彼らのDNAは現代の集団、特に東南アジア（フィリピンやパプアニューギニアを含む）に残っており、ホモ・サピエンスとの過去の交配を示唆している。最近では、6月に中国のハルビンで発見された頭蓋骨が分子証拠に基づきデニソワ人として特定され、彼らの顔の特徴の最初の視覚像を提供した。
新しいゲノムは、少なくとも3つの離散したデニソワ人集団を示唆している。最古のものはこの男性によって代表され、数千年後に洞窟サイトで2番目のグループによって置き換えられた。洞窟で見つからなかった3番目の集団は、現代人にDNAを寄与した。「初期のデニソワ人が後期のデニソワ人に置き換えられた仕組みを理解することは、重要な人類イベントを強調する」と、中国の脊椎動物古生物学・古人類学研究所のQiaomei Fuは語る。
さらなる分析は、ネアンデルタール人との繰り返しの交配を示し、このデニソワ人男性の7000年から1万3000年前に生きた以前未知のネアンデルタール人グループの痕跡を含む。ゲノムはまた、数万年にわたって別々に進化した未確認の古代人類系統のDNAを運んでおり、おそらくホモ・エレクトスだが、その種のDNAが存在しないため確認できない。「これは爆弾のような論文だ」とハーバード大学のDavid Reichは言う。「この研究はデニソワ人の宇宙についての私の理解を本当に拡大した」と、スペインの国家人類進化研究センターのSamantha Brownが付け加える。「これらの新しい集団を次々と発見し続けるのは尽きせぬ魅力だ」とBrownは指摘する。
ドイツのマックスプランク進化人類学研究所のStéphane Peyrégneが主導したこの研究は、bioRxivのプレプリント（DOI: 10.1101/2025.10.20.683404）に詳述されており、査読を待っている。