後に『スター・ウォーズ』や『ジュラシック・パーク』の音楽で名を馳せるジョン・ウィリアムズが、放送されなかった『ギリガン君SOS』のパイロット版のオリジナル主題歌を手掛けていた。約2分間のこの楽曲は、制作者シャーウッド・シュワルツがカリブ海風のアクセントで歌う歌詞が特徴であった。『マルーンド』と題されたこのパイロット版は、シリーズ放送開始前に大幅な変更が加えられることとなった。
CBSは本企画を採用したものの、複数の問題が指摘され、パイロット版は不採用となった。キャスト3人が入れ替えられ、主題歌もシュワルツと作曲家ジョージ・ワイルの手によって書き直された。ウィリアムズはその後も番組の第1シーズンと第2シーズンにおいて、劇伴音楽を提供し続けた。このオリジナル・パイロット版は、1992年にTBSで放送されたマラソン番組まで公開されることはなかった。ウィリアムズはその後、アカデミー賞を5度、エミー賞を3度、グラミー賞を20度受賞し、アカデミー賞ノミネート数でも史上最多の51回を記録している。