A Missão de Observação Eleitoral e outras entidades apresentaram atualizações sobre o dia de votação em 21 de junho com alertas sobre irregularidades e perturbações isoladas.
A Missão de Observação Eleitoral relatou que o processo ocorreu com normalidade geral em 1.868 seções eleitorais observadas. O órgão observou uma diminuição no uso de crachás de campanha por jurados e testemunhas, ao mesmo tempo que alertou para a falta de materiais acessíveis para pessoas com deficiência e dois casos de tratamento discriminatório.
A Procuradoria-Geral recebeu 521 denúncias de condutas que poderiam afetar as eleições e afirmou que quase 14.000 jurados designados não compareceram em 401 municípios. O Ministério do Interior registrou um total de 2.612 reclamações, incluindo 153 vindas do exterior.
O Ministério das Tecnologias da Informação e Comunicações detectou interrupções nos serviços de telecomunicações em 30 municípios de 18 departamentos, sem impacto nos sistemas de transmissão eleitoral. O Registro Nacional rejeitou as alegações do presidente Gustavo Petro sobre falhas nos formulários E-14.