『X-Men '97』シーズン2第4話にて、アポカリプスがセレスティアル・アーマーの力を用い、マグニートーを消滅させた。攻撃の後には彼のヘルメットだけが残された。このシーンは、同シリーズの前半で描かれたジェノーシャ虐殺に続く展開となる。
この出来事は、「アポカリプスの台頭 パート2(原題:The Rise of Apocalypse Part II)」と題されたエピソードの結末で発生した。アポカリプスはマグニートーを捕らえ、プロフェッサーXの目の前で彼を消滅させた。
マグニートーはシーズン1のジェノーシャでの事件の際にも死亡したと思われたが、その2話後に生存して再登場していた。今回のシーンで尺が割かれていることやプロフェッサーXの反応から、以前よりも事態の重大性が増していることが示唆されている。
原作コミックにおいて、マグニートーは2022年の『X-Men: Red #5』や2024年のシリーズ『Resurrection of Magneto』など、過去に何度も死亡している。