「スター・トレック:エンタープライズ」後のジョナサン・アーチャー船長の経歴は、彼をスター・トレック史の基盤となる人物として位置づけ、船長から提督、大使、そして惑星連邦の大統領へと昇進したことを示しており、これはシリーズ最終話や「In a Mirror, Darkly」などのエピソードで予告されていた。
スター・トレック:エンタープライズは2005年に終了し、ジョナサン・アーチャー船長（Scott Bakula）がNX-01の指揮からより高い責任ある地位へ移行するところで幕を閉じた。シリーズ最終話「These Are the Voyages...」では、アーチャーが船長職を離れ、惑星連邦の設立に関わる役割に就く様子が描かれている。nn正史の情報源によると、彼の昇進は次の通りである：アーチャーは星艦隊で提督となり、星艦隊司令部で参謀長を務めた。その後、大使を務め、2184年に惑星連邦の大統領に選出された。アーチャーは長生きし、2245年のUSS Enterprise NCC-1701の命名式に出席した。これは数世代後のカーク船長が指揮する艦である。nnシリーズ前期のシーズン4のミラー・ユニバースエピソード「In a Mirror, Darkly」（パート1および2）では、22世紀の記録でアーチャーを「22世紀最大の探検家」と称し、彼の遺産を確立している。nnこの経路はエンタープライズをより広範なスター・トレック・タイムラインに繋ぎ、フランチャイズの連続性に影響を与えている。