Deux jours après que le TCU a bloqué un financement fédéral de 2,6 milliards de R$, le gouvernement de São Paulo a publié un décret ouvrant un crédit supplémentaire d'un montant similaire pour le projet de tunnel Santos-Guarujá. Le gouverneur Tarcísio de Freitas a signé le document, complétant le budget du Secrétariat pour les partenariats en matière d'investissements. Cette mesure permet d'assurer la continuité du projet, dont le démarrage est prévu cette année.
Le gouvernement de l'État de São Paulo a réagi rapidement au blocage de la Cour des comptes de l'Union (TCU) le 18 mars 2026. Le vendredi 20 mars, il a publié au Journal officiel un décret ouvrant un crédit supplémentaire de 2,639 milliards de R$ pour soutenir le partenariat public-privé (PPP) pour le tunnel immergé entre Santos et Guarujá. Ce montant correspond à ce que l'Autorité portuaire de Santos (APS), une entité fédérale, devait contribuer avant le blocage de l'UTC sous la direction du rapporteur, le ministre Bruno Dantas. L'UTC a invoqué le manque d'instruments juridiques pour les transferts fédéraux, les faiblesses de la coordination entre l'Union et l'État de São Paulo, ainsi que l'exclusion de l'APS en tant que partie consentante dans le contrat avec le consortium dirigé par Mota-Engil, vainqueur de l'enchère de septembre 2025. Le gouvernement de São Paulo a rétorqué que le projet de contrat était public depuis l'avis d'appel d'offres. Avec un investissement total d'environ 5,2 milliards de R$, l'État couvrait déjà la moitié ; le décret prévoit désormais officiellement un budget de 100 % si nécessaire. Le calendrier de construction reste inchangé, les travaux devant débuter en 2026. Le projet fait partie du programme fédéral New PAC et du programme de partenariat en matière d'investissement du gouverneur Tarcísio de Freitas (Republicanos), dans un contexte de tensions entre les exécutifs de l'État et du gouvernement fédéral à l'approche d'une année électorale.