Bungieは、Open Play Week期間中にMarathonのDeluxe Editionアップグレードを割引価格で購入したプレイヤーに対し、同作の基本版を無償で提供すると発表した。今回の措置は、PlayStation Storeにおいてバンドル価格が想定よりも安く表示されていたことによる混乱を受けたもの。また、同スタジオは本作の無料プレイ期間の延長も併せて発表した。
この問題は、6月2日に「シーズン2」が開始され、無料ダウンロード期間が設けられた際に発生した。PlayStation Store上でDeluxe Editionが本来より14ドル安い価格で表示されていたため、プレイヤーの間で「基本ゲームが含まれている」と誤認が生じた。Bungieはその後、基本ゲームには無料期間終了後、別途40ドルの購入が必要であることを明記するよう表記を修正した。この修正が行われる前にアップグレードを購入したプレイヤーは、アクセス権を失う可能性があった。Marathon開発チームは6月5日、「ストアページに説明が掲載される前に当該商品を購入された方に対し、Marathonの基本版を追加費用なしで付与します」と発表した。なお、無料プレイ期間は6月11日まで延長され、進行状況は製品版に引き継がれる。