Bungieは、Marathonのシーズン2序盤において、プレイヤーが希少価値の高いアイテムを過剰に入手してしまう複数の問題を特定しました。同スタジオは6月16日にアップデートを配信し、進行スピードの調整を行いました。この問題には、原因不明のバグやその他の要因が関与しています。
Bungieは、シーズン2開始から1週間で獲得された総報酬量が、シーズン1の11週目時点と同等に達していたことを明らかにしました。バグにより、希少度の高いアイテムの出現率が内部の想定を超えて上昇していました。その他、スポンサードキットやComplex Controlの宝箱に関するゲームプレイ上の問題も要因として挙げられています。6月16日のアップデートでは、週間報酬が追加された一方、Prestigeのドロップ率と全体的な報酬の質が引き下げられました。また、Night MarshのCradleエリアで入手できる装備からの経験値獲得量が減少したほか、敵がドロップする装備の性能も下方修正されました。プレイヤーの反応は分かれています。進行状況をリセットするための緊急ワイプを求める声がある一方で、シーズン3での調整を待つべきだという意見も出ています。Steamの同時接続プレイヤー数は、無料プレイ期間を経て、シーズン2以前の水準に戻っています。