ハリソン・フォードとスティーヴン・スピルバーグは、『インディ・ジョーンズ／クリスタル・スカルの王国』にエイリアンを登場させるというジョージ・ルーカスの計画に抵抗していた。この制作上の対立は、スピルバーグに関する最近のオーラル・ヒストリーで明らかにされた。
プロデューサーのキャスリーン・ケネディによれば、フォードとスピルバーグは「エイリアンが登場する『インディ・ジョーンズ』映画にはしたくない」と考え、そのアイデアをめぐってルーカスと対立したという。
ルーカスは1950年代の空飛ぶ円盤を絡めた『宇宙戦争』のようなアプローチを目指していた。主演の2人はSF映画になることを拒み、その結果、脚本は何度も書き直されることとなった。
制作チームは、彼らを異次元の存在とすることで妥協点を見出した。ケネディは、2人は「100パーセント納得していたわけではなかった」と語っており、それが同作がスピルバーグ監督作品の中で最も評価の低いシリーズ作とされる一因になったと指摘している。
フォードは後に、シリーズをあの作品で終わらせたくないという思いから、2023年の『運命のダイヤル』に強い意欲を持って取り組んだ。なお、同作は賛否両論ありながらも、世界興行収入7億8600万ドルを記録した。
