Subnautica 2 har väckt debatt bland spelare gällande de begränsade alternativen för att hantera fientliga havsvarelser. Många upplever att de nuvarande verktygen, såsom nödbloss, gör dem alltför sårbara under tidig åtkomst. Utvecklarna på Unknown Worlds står fast vid spelets pacifistiska teman.
Spelare har uttryckt frustration sedan spelets nyligen lanserade tidiga åtkomst. Diskussioner i communityn på Reddit och Discord belyser klagomål på att små rovdjur som Bullethead och Marrowbreach avbryter uppgifter utan något effektivt motdrag förutom att simma iväg eller använda nödbloss. En användare på Reddit skrev att hen saknar möjligheten att försvara sig som i det ursprungliga Subnautica, där en kniv erbjöd grundläggande skydd mot aggressiva havsdjur.