「Subnautica 2」において、敵対的な海洋生物への対処手段が限られていることをめぐり、プレイヤー間で議論が巻き起こっている。多くのユーザーは、フレアなどの現行のツールではアーリーアクセス中の守備力が心許ないと訴えている。開発元のUnknown Worldsは、本作が持つ平和主義的なテーマを堅持する姿勢を崩していない。
本作のアーリーアクセス開始以来、プレイヤーからは不満の声が上がっている。RedditやDiscordのコミュニティでは、BulletheadやMarrowbreachといった小型の捕食者が、ただ逃げるかフレアを使う以外に有効な対抗手段がないまま作業を中断させてくることへの苦情が目立つ。あるRedditユーザーは、初代「Subnautica」ではナイフを使って獰猛な海洋生物から身を守ることができたとし、その機能を懐かしむコメントを寄せている。