Pesquisadores da Universidade Rockefeller relatam que uma nova plataforma de triagem unicelular, o PerturbFate, pode rastrear como diferentes interrupções genéticas convergem para programas regulatórios comuns que impulsionam a resistência ao vemurafenibe, medicamento contra melanoma, apontando para potenciais alvos de terapia combinada.
Um estudo publicado na revista Nature descreve o PerturbFate, uma abordagem de triagem por interferência CRISPR projetada para acompanhar como as perturbações genéticas remodelam os estados celulares usando leituras multimodais de célula única.
No artigo, os pesquisadores relatam que o PerturbFate pode traçar o perfil da acessibilidade da cromatina juntamente com medições de RNA — capturando tanto o RNA recém-sintetizado (nascente) quanto o pré-existente — ao mesmo tempo em que identifica qual RNA guia perturbou cada célula.
Como prova de conceito, a equipe aplicou o método em células de melanoma A375 portadoras da mutação BRAF(V600E), um modelo amplamente utilizado para estudar a resistência ao vemurafenibe, um inibidor de BRAF usado no tratamento de melanoma. Com base em triagens de resistência anteriores e perfis de expressão, eles selecionaram 143 genes candidatos ligados à resistência ao vemurafenibe e analisaram dados de mais de 300.000 células.
O estudo na Nature relata que muitas perturbações distintas levaram as células a um estado compartilhado de resistência a medicamentos. Ao reconstruir redes regulatórias gênicas, os autores identificaram programas regulatórios convergentes — incluindo papéis para a sinalização de MAPK e Hippo/YAP — e relatam que o direcionamento conjunto de programas-chave a jusante melhorou a sensibilidade ao vemurafenibe em seu sistema experimental.
A Universidade Rockefeller informou que o grupo disponibilizou publicamente as ferramentas experimentais e computacionais subjacentes ao PerturbFate e planeja estender a abordagem para além de culturas celulares, utilizando modelos vivos para estudar outros cenários de doenças complexas, incluindo o envelhecimento e a doença de Alzheimer.
