Investigadores de la Universidad Rockefeller informan que una nueva plataforma de cribado unicelular, PerturbFate, puede rastrear cómo diversas alteraciones genéticas convergen en programas reguladores comunes que impulsan la resistencia al vemurafenib, un fármaco contra el melanoma, lo que apunta a posibles dianas para terapias combinadas.
Un estudio en Nature describe PerturbFate, un método de cribado por interferencia CRISPR diseñado para seguir cómo las perturbaciones génicas remodelan los estados celulares utilizando lecturas unicelulares multimodales.
En el artículo, los investigadores informan que PerturbFate puede perfilar la accesibilidad de la cromatina junto con las mediciones de ARN —capturando tanto el ARN recién sintetizado (naciente) como el preexistente— mientras identifica qué ARN guía perturbó cada célula.
Como prueba de concepto, el equipo aplicó el método a células de melanoma A375 portadoras de la mutación BRAF(V600E), un modelo ampliamente utilizado para estudiar la resistencia al vemurafenib, un inhibidor de BRAF empleado en el tratamiento del melanoma. Basándose en cribados de resistencia y perfiles de expresión previos, seleccionaron 143 genes candidatos vinculados a la resistencia al vemurafenib y analizaron datos de más de 300.000 células.
El estudio de Nature informa que muchas perturbaciones distintas llevaron a las células hacia un estado compartido de resistencia a los fármacos. Al reconstruir las redes de regulación génica, los autores identificaron programas reguladores convergentes —incluidos los roles de la señalización MAPK y Hippo/YAP— e informan que atacar simultáneamente los programas clave corriente abajo mejoró la sensibilidad al vemurafenib en su sistema experimental.
La Universidad Rockefeller señaló que el grupo ha puesto a disposición pública las herramientas experimentales y computacionales que sustentan PerturbFate, y planea extender el enfoque más allá de las células cultivadas hacia modelos vivos para estudiar otros entornos de enfermedades complejas, incluidos el envejecimiento y la enfermedad de Alzheimer.
