Forskare presenterar en interaktionskarta på aminosyranivå mellan influensa A-proteiner och mänskliga proteiner inuti cellen, vilken visar hur infektionen kan störa nukleära paraspeckles och potentiellt frigöra värdfaktorer som främjar virusreplikation.
Forskare vid EMBL Hamburg har, i samarbete med Leibniz Research Institute for Molecular Pharmacology (FMP), tagit fram en högupplöst karta över kontaktpunkter mellan influensa A-virusproteiner och mänskliga proteiner inuti infekterade celler.
Genom att använda in-cell cross-linking masspektrometri på intakta, infekterade mänskliga lungepitelceller identifierade teamet hundratals par av virus- och värdprotein, och kombinerade dessa mätningar med AlphaFold-baserad strukturell modellering för att härleda var proteiner kommer i kontakt med varandra.
Bland resultaten kopplar studien influensa A-infektion till störningar i paraspeckles – membranlösa strukturer i cellkärnan som är uppbyggda kring det långa icke-kodande RNA-molekylen NEAT1. Författarna rapporterar att virusproteiner interagerar med paraspeckle-komponenter och att ett viralt endonukleas, PA-X, bidrar till att bryta ner paraspeckles genom att degradera NEAT1, en förändring som frigör värdfaktorer som studien menar kan underlätta replikationen av influensa A.
”Att se dessa små organeller i cellkärnan lösas upp, konsekvent i varje cellinje och varje influensastam vi testade, visade oss att detta inte är en bieffekt av infektion – det kan vara en strategi”, säger förste författaren Iuliia Kotova i ett uttalande i samband med arbetet.
Resultaten publicerades i Nature Microbiology. Forskarna menar att interaktionskartan kan bidra till framtida studier av influensabiologi, inklusive arbete relevant för oroväckande stammar som H5N1.
