科学者たちは、特定のE. coli株が人々の間でどれだけ速く広がるかを推定し、H1N1豚インフルエンザに匹敵する基本再生産数を持つ系統の一つを発見した。英国とノルウェーのゲノムデータを基に、2025年11月4日にNature Communicationsに掲載された分析は、3つのST131クラードの伝播をモデル化し、抗生物質耐性感染症の追跡への示唆を強調している。
新しい研究によると、人間関連のE. coliクローンは、2009年のH1N1豚インフルエンザに匹敵する速度で人々の間で広がることが、腸内定着細菌の基本再生産数（R0）の初の推定に基づいて報告された。この研究は、2025年11月4日に公開され、世界的に分布するST131系統の3つのクラードに焦点を当てている：ST131-A、ST131-C1、およびST131-C2。(dx.doi.org)
定量的に、著者らはST131-Aに対してR0値を1.47、ST131-C1に対して1.18、ST131-C2に対して1.13と推定しており、ST131-Aの伝播ポテンシャルが顕著に高いことを示している。(dx.doi.org)
これらの値を推定するために、チームはUK Baby Biome Studyの定着データと、英国およびノルウェーのE. coli血流感染のゲノム監視を組み合わせた。すべてのシーケンシングはWellcome Sanger Instituteで行われ、モデルはELFI（Engine for Likelihood-Free Inference）を使用して構築された。(sanger.ac.uk)
E. coliは通常、腸内で無害に生息し、空気中の飛沫による伝播は起こらない；広がりは密接な接触（例：キス）や、共有表面、食品、または家庭を通じた間接的な方法で発生する。(sciencedaily.com)
この研究では、ST131-AがH1N1を含む主要なアウトブレイクを引き起こすウイルスほど急速に広がることがわかった。一方、ST131-C1とST131-C2は健康な人々の間でよりゆっくり広がるが、病院や他の医療環境ではより速く伝播する可能性が高い。これら2つのクラードは複数の抗生物質クラスに耐性があり、英国での尿路感染症と血流感染症の最も一般的な原因の一つであり、ノルウェーでも一般的である。(sanger.ac.uk)
耐性負担の文脈を追加すると、UK Health Security Agencyのデータによると、2021年のイングランドでは、E. coli血流感染症の5分の2以上が病院の主要抗生物質であるco-amoxiclavに耐性があった。(gov.uk)
「これは私たちの腸内マイクロバイオームに住むどの細菌にとっても初めてのことでした」と、共同筆頭著者のFanni Ojala（Aalto University）は、腸内定着細菌のR0推定について述べた。(sanger.ac.uk)
「E. coliのR0を持つことで、感染症間の広がりを比較できます」と、筆頭著者のJukka Corander（Wellcome Sanger Instituteおよびオスロ大学）は付け加え、伝播の遺伝的要因を探る必要性を指摘した。(sciencedaily.com)
著者らは、このフレームワークがアウトブレイク防止のための標的監視を導き、広域抗生物質への依存を減らすのに役立つ可能性があると述べた。また、このアプローチは他の細菌病原体に適応可能であると付け加えた。(sanger.ac.uk)