Para peneliti di University of Warwick melaporkan bahwa mereka telah mengidentifikasi bagaimana bakteri dapat memproduksi berbagai versi senyawa penghambat histone deacetylase (HDAC) tertentu secara konsisten. Temuan ini menurut mereka dapat membantu ilmuwan merancang kandidat obat baru yang terinspirasi dari produk alami tersebut.
Sebuah tim di University of Warwick telah mendeskripsikan bagaimana bakteri dapat menghasilkan berbagai varian dari keluarga penghambat HDAC "depsipeptida" siklik—kelompok yang mencakup romidepsin (Istodax), obat yang disetujui FDA untuk mengobati limfoma sel T.
Dalam studi tersebut, para peneliti melaporkan bahwa wilayah molekuler kecil yang mereka sebut "domain docking" bertindak sebagai penghubung antara sistem enzim berbeda yang terlibat dalam perakitan senyawa-senyawa ini. Tim tersebut mengatakan sistem penghubung ini membantu menjelaskan bagaimana bakteri dapat menciptakan berbagai molekul terkait sambil tetap mempertahankan presisi yang diperlukan agar lini perakitan dapat berfungsi.
Penulis utama Dr. Munro Passmore mengatakan bahwa penelitian ini "akhirnya memecahkan kode tersebut," merujuk pada ketidakpastian yang sudah lama ada tentang bagaimana komponen enzim berkoordinasi. Rekan penulis Prof. Greg Challis mengatakan temuan ini memberikan "cetak biru" untuk merancang jalur sintetik yang dapat menghasilkan kandidat baru dengan properti yang lebih cocok untuk penggunaan klinis, termasuk selektivitas yang lebih baik dan efek samping yang lebih sedikit.
Menurut rilis dari University of Warwick, penelitian ini berfokus pada penghambat HDAC depsipeptida dan melaporkan identifikasi klaster gen biosintetik untuk FR-901375 pada Pseudomonas chlororaphis subsp. piscium. Para peneliti mengatakan mereka menggunakan kombinasi pendekatan komputasi dan laboratorium—termasuk pencarian basis data bioinformatika dan eksperimen penghapusan gen—untuk memvalidasi elemen kunci dari jalur tersebut.
Penelitian ini diterbitkan dalam Nature Communications dengan judul “Molecular basis for depsipeptide HDAC inhibitor combinatorial biosynthesis.”
