Bungie ha publicado el mayor parche hasta la fecha para Marathon, que se encuentra en su segunda semana, e introduce un nuevo mapa de final de partida llamado Cryo Archive. La actualización incluye numerosas correcciones y ajustes para mejorar la jugabilidad. El acceso al mapa requiere resolver puzles y cumplir unos requisitos específicos.
Maratón entró en su segunda semana con el despliegue por parte de Bungie de la mayor actualización del juego hasta la fecha, la versión 1.0.5. La novedad más destacada es Cryo Archive, un nuevo mapa de final de partida que ya está disponible pero al que no se puede acceder fácilmente. Las notas del parche de Bungie dicen: "Buena suerte para llegar allí", aludiendo al desafío que supone, similar a los puzles ARG de Destiny. Los jugadores ya han resuelto puzles y descubierto vídeos durante la semana pasada, y se espera que pronto se activen automáticamente otras fases para la mayoría de los usuarios. Para entrar en el Criarchivo, los corredores deben alcanzar el nivel 25 y desbloquear el acceso a todas las facciones, un proceso que requiere tiempo y esfuerzo, lo que podría excluir inicialmente a los jugadores ocasionales. Además, Bungie ha solucionado varios problemas del juego base. La escopeta de combate WSTR recibió una mejora en su eficacia en espacios reducidos. Se ha corregido un error que provocaba que los cosméticos de los cuchillos se desequiparan, y las naves UESC ya no atraviesan los mapas ni dañan a los jugadores a su llegada. Se ha mejorado la gestión del inventario con la función de arrastrar y soltar para las modificaciones de armas. Los ajustes de audio han reducido el radio de detección de disparos enemigos, corrigiendo un reciente exceso de sintonía que permitía oír sonidos desde el otro lado del mapa. Otras mejoras aumentaron la munición y la frecuencia de los encuentros con los jugadores para reducir el tiempo de inactividad. Bungie también introdujo un modo experimental de dúos, en respuesta a las peticiones de los fans, aunque algunos temen que pueda fragmentar el matchmaking. Las notas completas del parche están disponibles por separado.