Les chercheurs ont identifié 50 espèces bactériennes fortement associées à des marqueurs de bonne santé dans le microbiome intestinal, sur la base de données de plus de 34 000 personnes. Les résultats mettent en évidence des liens avec le contrôle du cholestérol, la réduction de l'inflammation et une meilleure gestion de la glycémie. Ce travail vise à définir ce qui constitue une communauté microbienne saine au milieu des débats en cours sur sa composition.
Une analyse à grande échelle des microbiomes intestinaux de plus de 34 500 participants au programme PREDICT, menée au Royaume-Uni et aux États-Unis par Zoe, a identifié des bactéries spécifiques liées aux résultats de santé. L'étude, publiée dans Nature, s'est concentrée sur 661 espèces bactériennes présentes chez plus de 20 % des participants. Parmi celles-ci, 50 espèces —22 nouvellement identifiées— sont corrélées à des indicateurs de santé positifs, incluant des niveaux de cholestérol plus bas, une inflammation réduite, une fonction immunitaire plus saine, une meilleure répartition des graisses corporelles et un meilleur contrôle de la glycémie.
Les individus en bonne santé sans conditions médicales connues hébergeaient environ 3,6 de ces espèces bénéfiques de plus que ceux ayant des conditions. De même, les personnes de poids sain avaient environ 5,2 de ces espèces de plus que celles en surpoids. La recherche suggère que ces microbes influencent la santé en produisant des substances chimiques qui aident au transport du cholestérol, freinent l'inflammation, métabolisent les graisses et améliorent la sensibilité à l'insuline.
La plupart des bactéries bénéfiques et nocives appartiennent à la classe Clostridia, en particulier à la famille Lachnospiraceae, avec 13 espèces montrant des effets favorables et 27 défavorables. Nicola Segata, de l'Université de Trente en Italie, qui a dirigé le travail, a noté : « Il existe une relation très complexe entre la nourriture que nous mangeons, la composition de notre microbiome intestinal et les effets que le microbiome intestinal a sur notre santé. La seule façon de tenter de cartographier ces connexions est d'avoir des tailles d'échantillon suffisamment grandes. »
Les habitudes alimentaires ont également été examinées via des questionnaires et les données de l'application Zoe, recommandant au moins 30 plantes différentes par semaine, trois portions quotidiennes d'aliments fermentés, un apport élevé en fibres et un minimum d'aliments ultra-transformés. Bien que la plupart des microbes soient alignés sur des régimes plus sains ou plus mauvais, 65 ne l'étaient pas, soulignant la complexité. Segata a ajouté : « Ces 65 bactéries témoignent du fait que le tableau est encore plus complexe que ce que nous avons vu. »
L'équipe a développé une échelle de 0 à 1000 pour classer la santé du microbiome intestinal, désormais intégrée aux tests de Zoe. Tim Spector, du King’s College London et cofondateur de Zoe, a expliqué : « Imaginez un microbiome intestinal sain comme une communauté d'usines chimiques. Nous voulons un grand nombre d'espèces, nous voulons que les bonnes surpassent les mauvaises, et quand vous y parvenez, vous produisez des produits chimiques vraiment sains, qui ont des impacts sur tout le corps. »
Des experts comme Ines Moura, de l'Université de Leeds, mettent en garde que définir un microbiome sain reste difficile en raison des influences de l'alimentation, de l'environnement, de l'âge et des médicaments. Des études mondiales plus vastes sont nécessaires pour affiner ces connaissances et potentiellement guider des recommandations alimentaires personnalisées.
