Bungie släppte den 31 mars en uppdatering till Marathon som eliminerar utnyttjanden av slide-canceling och Thief-karaktärens änterhake, vilka tidigare gett orättvisa fördelar. Ändringarna inkluderar öppnandet av en genväg i den förstörda flygeln på Outpost genom ett pussel, förbättringar av loot och utmaningar vid Pinwheel, ett nytt låst nyckelkortsrum, skottsäkert glas i Hubben samt en buggfix för Dire Marsh. Spelet har sålt över 1,2 miljoner exemplar sedan lanseringen och mötts av goda recensioner.
Spelare utnyttjade tekniker för slide-canceling i Marathon—ofta genom att dra fram vapen eller använda Thief-karaktärens änterhake under glidning—för att få obegränsad fart utan värmeutveckling. Uppdateringen tar även bort det kraftfulla tricket med Thief-karaktärens änterhake som möjliggjorde snabb förflyttning över kartan för att få övertag i strid. Bungie förklarade i en utvecklarnotering och ett blogginlägg: 'En av våra grundläggande filosofier för Marathon är att snabb ompositionering och aggressivitet alltid måste ha ett meningsfullt pris. Det priset kan vara en laddning för förmågor, värmeutveckling eller ökad risk, men det måste finnas och vara begripligt för en betraktare. Obegränsad rörelse, även om den är uttrycksfull och ger bra klipp, är i slutändan ohälsosam för det speltempo vi vill bibehålla i Marathon.' Studion lovade att adressera framtida rörelseexploateringar på liknande sätt.
På kartan Outpost har utvecklarna återställt den tidigare stängda genvägen i den förstörda flygeln till den centrala Pinwheel-zonen, men lagt till ett omarbetat pussel som kräver att spelare skjuter på utspridda noder. Det låsta nyckelkortsrummet i Hubben har fått justeringar och uppdaterade säkerhetsuppgifter, och har nu försetts med skottsäkert glas. Loot från mindre behållare vid Pinwheel har utökats, och utmaningar kopplade till UESC-robotar har intensifierats för högre risk och belöning.
Ytterligare fixar åtgärdar en bugg i Dire Marsh där en inaktiv underjordisk anomali visades felaktigt.
Uppdateringen tillkännagavs först via sociala medier och fullständiga detaljer följde i Bungies blogginlägg. Uppdateringen sammanfaller med att det har gått en månad sedan Marathon lanserades och är en lättare uppdatering inför en större balansering under mitten av säsongen i april samt säsong 2 i juni, som introducerar ett nytt loadout-system, en reviderad Dire Marsh och ett nytt Runner Shell. Analytiker uppskattar att försäljningen överstiger 1,2 miljoner exemplar, och utvecklarna har förbundit sig till långsiktigt stöd efter positiva recensioner, som Eurogamers hyllning av spelets 'fängslande strider och högkonceptuella kartor.'