Forskare har utvecklat en ny metod som använder transponerbara element för att spåra den evolutionära historien hos komplexa växtgenom. Tillvägagångssättet testades på den odlade jordgubben och identifierade flera urgamla hybridiseringshändelser som format dess oktoploida genom.
Forskare från det amerikanska jordbruksdepartementet och partnerinstitutioner tillämpade tekniken på Fragaria × ananassa. De identifierade fyra distinkta subgenom och daterade tre sekventiella allopolyploidiseringshändelser till ungefär 3,1–4,2 miljoner år sedan, 1,9–3,1 miljoner år sedan och 0,8–1,9 miljoner år sedan.
Resultaten stöder nära kopplingar mellan två subgenom och arterna Fragaria vesca och Fragaria iinumae. De utmanar även tidigare modeller som föreslog ytterligare diploida stamfäder och indikerar att vissa bidragsgivare kan vara utdöda eller oidentifierade.
En senior författare noterade att metoden behandlar transponerbara element som evolutionära tidsstämplar. Detta möjliggör rekonstruktion av genomets historia utan att förlita sig på kända förfädersreferenser.
Studien publicerades i Horticulture Research och finansierades av ett anslag från National Institute of Food and Agriculture. Den erbjuder ett verktyg för att analysera andra polyploida grödor såsom vete och bomull.
