Des scientifiques ont reconstruit le génome de Treponema pallidum à partir d'un squelette vieux de 5 500 ans en Colombie, marquant la plus ancienne instance connue de cette bactérie liée à la syphilis et aux maladies connexes. La souche ancienne a divergé tôt dans l'évolution du pathogène, suggérant que les infections tréponémiennes se diversifiaient dans les Amériques des millénaires avant le contact européen. Cette découverte étend l'histoire génétique de ces maladies de plus de 3 000 ans.
Les restes, exhumés d'un abri rocheux dans la région de Sabana de Bogotá près de l'actuelle Bogotá, datent d'environ 5 500 ans. Les chercheurs ont séquencé l'ADN de l'individu pour explorer l'histoire des populations humaines anciennes, générant environ 1,5 milliard de fragments génétiques. Lors de l'analyse, des équipes de l'University of California, Santa Cruz, et de l'University of Lausanne ont détecté des traces de Treponema pallidum dans l'échantillon de tibia, qui ne présentait aucun signe visible d'infection. Cette bactérie cause aujourd'hui des maladies comme la syphilis, la yaws et le bejel, une forme apparentée étant responsable de la pinta. Le génome reconstruit appartient à Treponema pallidum mais ne correspond pas aux sous-espèces modernes, indiquant qu'il s'est séparé des autres lignées il y a environ 13 700 ans—bien avant la divergence de 6 000 ans des formes actuelles. «Nos découvertes montrent le potentiel unique de la paléogénomique pour contribuer à notre compréhension de l'évolution des espèces et des risques potentiels pour la santé des communautés passées et présentes», a déclaré Lars Fehren-Schmitz, généticien à l'University of California, Santa Cruz. L'étude, publiée dans la revue Science, met en lumière la longue histoire évolutive des pathogènes tréponémiens dans les Amériques. «Les preuves génomiques actuelles... ne résolvent pas le débat de longue date sur l'origine des syndromes de la maladie eux-mêmes, mais montrent qu'il existe cette longue histoire évolutive de pathogènes tréponémiens qui se diversifiait déjà dans les Amériques des milliers d'années plus tôt que ce qui était connu auparavant», a noté Elizabeth Nelson, anthropologue moléculaire à la Southern Methodist University. Une hypothèse suggère que cela pourrait être une forme ancienne du pathogène de la pinta, endémique en Amérique centrale et du Sud. «Une possibilité est que nous ayons mis au jour une forme ancienne du pathogène causant la pinta, dont nous savons peu de choses», a déclaré Anna-Sapfo Malaspinas de l'University of Lausanne. La recherche a impliqué une collaboration internationale, y compris l'archéologue Miguel Delgado et d'autres, avec un engagement éthique des communautés colombiennes avant la publication pour respecter l'importance culturelle du site. Ce travail sur le site de Tequendama 1 souligne comment l'ADN ancien peut révéler des histoires de maladies cachées, aidant à prédire l'évolution future des pathogènes.