Para ilmuwan telah merekonstruksi genom Treponema pallidum dari kerangka berusia 5.500 tahun di Kolombia, menandai kasus tertua yang diketahui dari bakteri ini yang terkait dengan sifilis dan penyakit terkait. Strain kuno ini bercabang lebih awal dalam evolusi patogen, menunjukkan bahwa infeksi treponemal sedang beragam di Amerika ribuan tahun sebelum kontak Eropa. Penemuan ini memperpanjang sejarah genetik penyakit ini lebih dari 3.000 tahun.
Sisa-sisa tersebut, digali dari tempat perlindungan batu di wilayah Sabana de Bogotá dekat Bogotá saat ini, berasal dari sekitar 5.500 tahun lalu. Peneliti mengurutkan DNA individu untuk mengeksplorasi sejarah populasi manusia kuno, menghasilkan sekitar 1,5 miliar fragmen genetik. Selama analisis, tim dari University of California, Santa Cruz, dan University of Lausanne mendeteksi jejak Treponema pallidum dalam sampel tulang kering, yang tidak menunjukkan tanda infeksi yang terlihat. Bakteri ini menyebabkan penyakit seperti sifilis, yaws, dan bejel saat ini, dengan bentuk terkait yang bertanggung jawab atas pinta. Genom yang direkonstruksi termasuk Treponema pallidum tetapi tidak cocok dengan sub-spesies modern, menunjukkan bahwa itu terpisah dari garis keturunan lain sekitar 13.700 tahun lalu—jauh lebih awal daripada divergensi 6.000 tahun bentuk saat ini. «Temuan kami menunjukkan potensi unik paleogenomik untuk berkontribusi pada pemahaman kami tentang evolusi spesies, dan risiko kesehatan potensial bagi komunitas masa lalu dan saat ini,» kata Lars Fehren-Schmitz, ahli genetika di University of California, Santa Cruz. Studi tersebut, yang diterbitkan di jurnal Science, menyoroti sejarah evolusi panjang patogen treponemal di Amerika. «Bukti genomik saat ini... tidak menyelesaikan perdebatan lama tentang di mana sindrom penyakit itu sendiri berasal, tetapi menunjukkan ada sejarah evolusi panjang patogen treponemal yang sudah beragam di Amerika ribuan tahun lebih awal daripada yang diketahui sebelumnya,» catat Elizabeth Nelson, antropolog molekuler di Southern Methodist University. Satu hipotesis menunjukkan ini bisa menjadi bentuk kuno patogen pinta, endemik di Amerika Tengah dan Selatan. «Salah satu kemungkinan adalah kami menemukan bentuk kuno patogen yang menyebabkan pinta, yang kami tahu sedikit tentangnya,» kata Anna-Sapfo Malaspinas dari University of Lausanne. Penelitian melibatkan kolaborasi internasional, termasuk arkeolog Miguel Delgado dan lainnya, dengan keterlibatan etis komunitas Kolombia sebelum publikasi untuk menghormati signifikansi budaya situs tersebut. Pekerjaan ini di situs Tequendama 1 menggarisbawahi bagaimana DNA kuno dapat mengungkap sejarah penyakit tersembunyi, membantu prediksi evolusi patogen masa depan.
