Des chercheurs ont séquencé le génome complet d'un rhinocéros laineux à partir du contenu stomacal d'un chiot de loup âgé de 14 400 ans, offrant des insights sur les derniers jours de l'espèce avant l'extinction. La découverte révèle une population génétiquement saine au bord de la disparition. Cette avancée marque la première fois qu'un tel génome a été extrait des restes digestifs d'un animal.
Dans une réalisation pionnière pour la paléogénomique, des scientifiques ont disséqué les restes gelés d'un chiot de loup de l'Âge glaciaire découvert près du village sibérien de Tumat en 2011 et 2015. L'examen en laboratoire en 2022 a révélé de la viande de rhinocéros laineux partiellement digérée dans l'estomac du chiot, datant de 14 400 ans. L'analyse d'ADN a confirmé que la viande appartenait à Coelodonta antiquitatis, le rhinocéros laineux, un herbivore massif qui parcourait les toundras eurasiennes. «Séquencer le génome complet d'un animal de l'Âge glaciaire trouvé dans l'estomac d'un autre animal n'avait jamais été fait auparavant», a déclaré le paléogénéticien de l'université d'Uppsala Camilo Chacón-Duque, co-auteur de l'étude. Malgré les défis du ADN dégradé par la préservation en permafrost et la séparation des séquences de rhinocéros de celles du loup, Sólveig Guðjónsdóttir de l'université de Stockholm et ses collègues ont réussi à assembler le génome complet. Le génome indique que le rhinocéros provenait d'une population grande et saine, exempte de signes de consanguinité tels que de longs segments de gènes homozygotes. Cela contraste avec les attentes, les rhinocéros laineux ayant disparu du registre fossile il y a environ 14 000 ans, seulement 400 ans plus tard. Leur aire de répartition s'était contractée vers l'est depuis 35 000 ans, les derniers bastions se trouvant dans le nord-est de la Sibérie. Les comparaisons avec un spécimen de 49 000 ans de Rakvachan voisine montrent que la taille effective de la population — individus reproducteurs contribuant au pool génétique — a chuté fortement de 15 600 à 1 600 environ entre 114 000 et 63 000 ans, puis s'est stabilisée. Les écologues notent que 1 600 dépasse le seuil de 1 000 nécessaire pour éviter les pièges génétiques comme la consanguinité et la dérive. Un génome antérieur de 18 400 ans montre également une stabilité, suggérant que la fin est survenue abruptement après 14 400 ans. Coupable probable : l'interstadial Bølling-Allerød, un réchauffement rapide de 14 700 à 12 800 ans, qui a fait fondre les calottes glaciaires et transformé les habitats trop vite pour une adaptation. «Dans la crise actuelle de la biodiversité pilotée par le changement climatique anthropique, il devient de plus en plus important de comprendre les moteurs sous-jacents des déclins de population et la propension des espèces à s'éteindre», ont écrit Guðjónsdóttir et ses collègues dans leur article publié dans Genome Biology and Evolution (DOI : 10.1093/gbe/evaf239). Des séquençages futurs d'échantillons encore plus récents pourraient clarifier si l'extinction a laissé des traces génomiques.
