Des chercheurs de l'Institut des sciences et technologies d'Okinawa ont révélé comment les calmars et les seiches ont survécu à l'extinction massive du Crétacé-Paléogène en se réfugiant dans les profondeurs océaniques riches en oxygène. Leur analyse de génomes nouvellement séquencés montre que ces céphalopodes sont apparus dans les abysses il y a plus de 100 millions d'années, avant de se diversifier rapidement dans les eaux peu profondes. Les résultats, publiés dans Nature Ecology & Evolution, fournissent le premier arbre généalogique complet des céphalopodes décapodiformes.
Le Dr Gustavo Sanchez, chercheur au sein de l'unité de génétique moléculaire de l'OIST, a dirigé cette étude qui combine trois génomes de calmars récemment séquencés avec des jeux de données mondiaux. Ces travaux ont permis de clore des débats de longue date sur l'évolution des calmars et des seiches, connus sous le nom de céphalopodes décapodiformes. Le Dr Sanchez a déclaré : « Grâce à nos nouvelles informations génomiques, nous avons pu résoudre certains mystères entourant leurs origines. » L'équipe a construit un arbre évolutif couvrant presque toutes les lignées majeures grâce à une collaboration mondiale de cinq ans, incluant l'Aquatic Symbiosis Genomics Project financé par le Wellcome Sanger Institute. Un élément clé a été l'inclusion du génome du rare calmar bélier, Spirula spirula, dont la coquille en spirale avait précédemment semé la confusion dans les classifications, selon le co-auteur, le Dr Fernando Á. Fernández-Álvarez de l'Institut espagnol d'océanographie. L'étude situe les origines du groupe au milieu du Crétacé, il y a environ 100 millions d'années, dans des habitats océaniques profonds. Peu de diversification a eu lieu pendant des dizaines de millions d'années, ce qui correspond au modèle de la « mèche longue ». Il y a environ 66 millions d'années, l'extinction K-Pg a décimé les trois quarts des espèces, y compris les dinosaures, mais les ancêtres des céphalopodes ont survécu dans des poches protégées des grands fonds, alors que l'acidification affectait les eaux de surface. À mesure que les écosystèmes se rétablissaient et que les récifs coralliens réapparaissaient, les calmars et les seiches se sont rapidement diversifiés dans les zones côtières peu profondes. Le Dr Sanchez a expliqué : « Après les séparations initiales des lignées au Crétacé, nous n'observons pas beaucoup de ramification pendant plusieurs dizaines de millions d'années. Cependant, lors de la période de rétablissement post-extinction K-Pg, nous constatons soudainement une diversification rapide. » Le professeur Daniel Rokhsar, responsable de l'unité de génétique moléculaire de l'OIST, a souligné le potentiel de futures recherches sur leurs caractéristiques uniques, telles que le camouflage dynamique et la complexité neuronale.