Científicos del Moffitt Cancer Center informan sobre el desarrollo de un método computacional, ALFA-K, que utiliza mediciones de células individuales longitudinales para inferir cómo ganancias y pérdidas de cromosomas enteros pueden moldear el camino evolutivo de un tumor. El trabajo, publicado en Nature Communications, argumenta que estos cambios cromosómicos a gran escala siguen patrones medibles influenciados por el contexto celular y el estrés relacionado con el tratamiento, en lugar de desarrollarse como pura aleatoriedad.
El cáncer puede evolucionar rápidamente cuando las células ganan o pierden cromosomas enteros: cambios a gran escala que alteran la dosis de muchos genes a la vez y pueden remodelar cómo crece un tumor y responde al estrés. Los investigadores del H. Lee Moffitt Cancer Center & Research Institute describen un nuevo enfoque computacional, llamado ALFA-K (Adaptive Local Fitness landscapes for Aneuploid Karyotypes), que busca predecir cómo se acumulan tales cambios a nivel de cromosomas con el tiempo. El equipo dice que ALFA-K está diseñado para datos de células individuales longitudinales, lo que le permite reconstruir cómo las poblaciones de células cancerosas pasan por diferentes “estados” cromosómicos y estimar qué combinaciones de cromosomas parecen favorecidas bajo presiones selectivas, incluido el estrés relacionado con el tratamiento. En una entrevista que acompaña el lanzamiento, la autora principal Noemi Andor dijo que el objetivo era ir más allá de instantáneas únicas de la genética tumoral y cuantificar qué combinaciones de cromosomas ayudan a las células a persistir. “El cáncer evoluciona. Mientras los tumores crecen, sus células cometen errores constantemente al copiar y dividir su ADN. Muchos de esos errores involucran ganar o perder cromosomas enteros”, dijo Andor. Según los investigadores, ALFA-K se diferencia de enfoques anteriores que a menudo trataban las ganancias o pérdidas individuales de cromosomas como efectos fijos. En cambio, modela la dependencia del contexto: el mismo cambio cromosómico puede ser ventajoso o perjudicial dependiendo de la composición cromosómica existente de la célula, e incorpora la inestabilidad cromosómica continua. En el estudio, el equipo informa sobre la estimación de la aptitud en más de 270.000 configuraciones cromosómicas distintas, y concluye que las condiciones ambientales y el tratamiento con cisplatino pueden cambiar el impacto en la aptitud de los cambios en el número de copias cromosómicas. El análisis también destaca el duplicado del genoma completo: cuando una célula duplica todos sus cromosomas, como un mecanismo que puede amortiguar algunos de los daños de la inestabilidad cromosómica extrema, con los investigadores describiendo un umbral más allá del cual el duplicado genómico se vuelve evolutivamente ventajoso. El artículo lista a Richard J. Beck, Tao Li y Noemi Andor como autores y se publicó en línea en Nature Communications a finales de diciembre de 2025. El trabajo fue apoyado por el U.S. National Cancer Institute, incluidos los subvenciones 1R37CA266727-01A1, 1R21CA269415-01A1 y 1R03CA259873-01A1. Los investigadores dicen que, a largo plazo, herramientas como ALFA-K podrían respaldar estrategias de tratamiento “conscientes de la evolución”: utilizando muestreo repetido como biopsias para identificar cuándo los tumores pueden estar acercándose a transiciones evolutivas riesgosas y seleccionar terapias destinadas a limitar rutas hacia la resistencia a los fármacos.
