遺伝子解析によると、ネアンデルタール人とホモ・サピエンスの交配は主に雄ネアンデルタール人と雌ホモ・サピエンスの間で起こった。研究者らは性染色体を調べ、このパターンを明らかにし、人類がアフリカを離れた後の複数時期に発生した。結果は交尾嗜好が主な説明と示唆するが、専門家はさらなる証拠を求めている。
ホモ・サピエンスとネアンデルタール人の交配は、一部の現代人がアフリカからユーラシアへ移住した後に起こり、主なエピソードは約5万〜4万3千年前、おそらくそれ以前の20万年以上前である。現在、非アフリカ系の人々はゲノムにネアンデルタール人のDNAを有する。ペンシルベニア大学のAlexander Platt、Sarah Tishkoff、Daniel Harrisによる新研究は、両種のX染色体を解析し、この混合のダイナミクスを探った。ヒトのX染色体にはほぼネアンデルタール人のDNAがなく、Harrisは「ほぼ完全にネアンデルタール人の砂漠」と形容した。研究者らはこの希少性のいくつかの説明を検討した。両種のDNAがうまく機能しないハイブリッド不適合性は、ネアンデルタール人のX染色体が他の染色体より多くのホモ・サピエンスDNAを含むため、適合性を示すとして排除された。現代ヒトDNAを優位にする自然選択も排除され、ネアンデルタール人のX染色体に残るヒトDNAは非機能領域にあるためである。雌が集団間で移動する文化的慣習は偏りを生む可能性があるが、観察された程度ではない。これにより、交尾嗜好が最も妥当な理由となる：雄ネアンデルタール人が雌ホモ・サピエンスを好む、雌現代人が雄ネアンデルタール人を好む、または両方。Plattは「それが好みならすべて説明がつく」と述べた。しかし、他の遺伝学者は慎重を促す。ドイツ・ライプツィヒのマックスプランク進化人類学研究所のArev Sümerは「行動に関する大きな主張なので、さらなる証拠が必要」と語った。スペイン・バルセロナの進化生物学研究所のMoisès Coll Maciàは、ハイブリッド不適合性が非対称的かもしれないとし、減数分裂駆動（遺伝要素が染色体継承を偏らせる）を考慮すべきと指摘した。研究はScienceに掲載（DOI: 10.1126/science.aea6774）。Plattは「世代を超えて起こったことが言えるのが重要」と付け加えた。交尾が合意か強制かは不明。