Los investigadores han identificado una nueva clase de ARN no codificantes huérfanos, llamados oncRNAs, que aparecen en diversos tipos de cáncer y forman firmas moleculares únicas. Estas moléculas identifican no solo el tipo y subtipo de cáncer con alta precisión, sino que también impulsan el crecimiento tumoral en algunos casos. Su presencia en el torrente sanguíneo ofrece potencial para pruebas de sangre simples que monitoreen la respuesta al tratamiento y predigan la supervivencia del paciente.
El descubrimiento comenzó en 2018 con T3p, una pequeña molécula de ARN encontrada en cáncer de mama pero ausente en tejido normal. Este hallazgo inusual desencadenó un esfuerzo de investigación de seis años para explorar ARN no codificantes huérfanos similares, denominados oncRNAs, en los principales tipos de cáncer. El estudio, publicado en Cell Reports Medicine, implicó analizar datos de secuenciación de pequeños ARN de The Cancer Genome Atlas en 32 tipos de cáncer, revelando aproximadamente 260.000 pequeños ARN específicos del cáncer presentes en todos los tipos examinados. Cada cáncer mostró patrones de expresión de oncRNAs distintos. Por ejemplo, los cánceres de pulmón exhibieron oncRNAs diferentes en comparación con los cánceres de mama. Modelos de aprendizaje automático que utilizaban estos patrones clasificaron los tipos de cáncer con un 90,9 % de precisión en el conjunto de datos inicial y un 82,1 % en un grupo separado de 938 tumores. Dentro del cáncer de mama, los patrones de oncRNAs diferían entre los subtipos basal y luminal, actuando como «códigos de barras moleculares digitales» que capturan la identidad del tumor, el subtipo y el estado celular. Para evaluar los roles funcionales, los investigadores examinaron unos 400 oncRNAs de tumores de mama, colon, pulmón y próstata. Utilizando vectores lentivirales en células cancerosas implantadas en ratones, descubrieron que aproximadamente el 5 % influía en el crecimiento tumoral. Se estudiaron en detalle dos oncRNAs de cáncer de mama: uno indujo la transición epitelio-mesénquima, facilitando la metástasis, mientras que el otro activó genes blanco de E2F para promover la proliferación. Ambos aceleraron el crecimiento tumoral y la colonización metastásica en modelos, con cambios similares en las vías observados en datos de tumores de pacientes de TCGA. Un importante hallazgo clínico surgió de la liberación de oncRNAs al torrente sanguíneo. El análisis de ARN libre de células de 25 líneas celulares cancerosas de nueve tipos de tejido mostró que alrededor del 30 % se secretaban activamente. En muestras de suero de 192 pacientes con cáncer de mama del ensayo I-SPY 2, niveles residuales altos de oncRNAs después de la quimioterapia neoadyuvante se correlacionaron con una supervivencia global casi cuatro veces peor, incluso tras ajustar por indicadores clínicos estándar. Este enfoque aborda los desafíos en el monitoreo de la enfermedad residual mínima, donde la secreción de ARN puede proporcionar señales más claras que el ADN. El equipo, que incluye a Hani Goodarzi, colabora con Exai Bio para desarrollar diagnósticos basados en oncRNAs utilizando modelos de IA. Los hallazgos destacan los oncRNAs como impulsores de la enfermedad y biomarcadores, con recursos disponibles abiertamente para futuras investigaciones.
